«Τμήμα Στρατιωτικόν»
Τον Δεκέμβριο του 1940, παραχωρήθηκε δωρεάν στη Βρετανική Κυβέρνηση (Επιτροπή Αυτοκρατορικών Στρατιωτικών Νεκροταφείων) το 19ο τμήμα με σκοπό την ίδρυση Στρατιωτικού Νεκροταφείου για την ταφή των νεκρών των Βρετανικών δυνάμεων στη διάρκεια του πολέμου. Σύντομα έλαβε τον χαρακτήρα του Συμμαχικού Νεκροταφείου (Τμήμα Ξένων Στρατιωτικών Αρχών), καθώς εδώ ενταφιάστηκαν και Αμερικάνοι αεροπόροι που έχασαν τη ζωή τους στη διάρκεια των αεροπορικών βομβαρδισμών. Μετά την απελευθέρωση, έγινε η μετακομιδή των οστών 250 Βρετανών στρατιωτών από το Γ΄ Νεκροταφείο στο Συμμαχικό Πολεμικό Νεκροταφείο στο Φάληρο.
Έκτοτε, το 19ο τμήμα έλαβε την ονομασία «Τμήμα Στρατιωτικόν» και αφιερώθηκε στους Έλληνες πεσόντες. Στο κέντρο του βρίσκεται υπόγειο οστεοφυλάκιο που φιλοξενεί τα οστά πεσόντων Ελλήνων στρατιωτών και κοσμείται με μαρμάρινη μνημειακή σύνθεση.
Νεκροταφείο των Δυνάμεων Κατοχής
Χώρο για τους νεκρούς τους απαίτησαν και οι δυνάμεις κατοχής. Το 1942 αποφασίζεται η επέκταση του νεκροταφείου για τη δημιουργία Ιταλικού Στρατιωτικού Νεκροταφείου. Από τα μέσα του 1943, ο χώρος διατίθεται στους Γερμανούς.
Για την ταφή των Γερμανών στρατιωτών κατασχέθηκε αρχικά (1941) έκταση στο Προτεσταντικό τμήμα του Α΄ Νεκροταφείου. Καθώς ο χώρος σύντομα κρίθηκε ανεπαρκής, ένα δεύτερο Γερμανικό Στρατιωτικό Νεκροταφείο ιδρύθηκε στο Γ’ Νεκροταφείο. Σταδιακά οι Γερμανοί κατέλαβαν και διαμόρφωσαν, με δαπάνη του Δήμου Αθηναίων, τρία τμήματα του Νεκροταφείου, ενώ στις αρχές του 1944 αποφασίζεται η επέκταση της ανατολικής πλευράς για τη δημιουργία και τέταρτου τμήματος. Η αύξηση των νεκρών των Αρχών Κατοχής είναι αναμφίβολα αποτέλεσμα της Αντίστασης.
Με τη διακρατική συμφωνία του 1965, μεταξύ Ελλάδας και Ομοσπονδιακής Δημοκρατίας της Γερμανίας, τα οστά τους μεταφέρθηκαν στο Γερμανικό Στρατιωτικό Νεκροταφείο στην περιοχή Ραπεντόζα Διονύσου.
Εβραϊκό Νεκροταφείο
Το 1943 αποφασίστηκε η δημιουργία Ισραηλίτικου τμήματος, λόγω πληρότητας του αντίστοιχου τμήματος που λειτουργούσε στο Α΄ Νεκροταφείο. Όμως, ήταν εξαιρετικά δύσκολο να γίνει χρήση του, εξαιτίας του διωγμού των Εβραίων. Η σημερινή έκταση και διαμόρφωση του Ισραηλίτικου Νεκροταφείου έγινε μεταπολεμικά.
Τμήμα αρτιγέννητων
Μια ιδιαίτερη ακόμα συνθήκη λαμβάνει χώρα στο Γ΄ Νεκροταφείο, όταν για πρώτη φορά δημιουργείται ειδικό τμήμα αρτιγέννητων, λόγω της μεγάλης θνησιμότητας βρεφών και παιδιών στη διάρκεια της Κατοχής, πολλά από τα οποία ήταν χωρίς οικογένεια. Τα παιδιά της Κατοχής αποτελούν τακτική κατηγορία νεκρών.
Το 1948 εγκρίθηκε το σχέδιο ανασυντάξεως και μεταρρυθμίσεως του Γ΄Νεκροταφείου. Βασίστηκε στο προπολεμικό σχέδιο, το οποίο αναγκαστικά καταστρατηγήθηκε, λόγω των αθρόων θανάτων της Κατοχής, καθώς και του Εμφυλίου. Σημειώνονται τα υφιστάμενα και τα υπό ανέγερση κτίρια, το φυτώριο και όλα τα τμήματα [Ιστορικό Αρχείο Δήμου Αθηναίων].